Pande, Shruti Sameer (2022) To Study and Evaluate the Interacting Partners of SERRATE in Arabidopsis thaliana. PhD, Universität Oldenburg.

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Abstract

SERRATE, a multifunctional protein is involved in transcriptional regulation speculatively via transcription factor binding. This study aims at investigating the multiple interacting partners of SE mainly focusing on transcription factors (TF). Y2H library screening and IP-MS revealed 63 TF binding to SE. Confirmatory experiments showed direct interaction of 7 ALFIN1-LIKE proteins, TOE1, TOE2 and IAA34 TF. Co-IP experiments demonstrated that SE binds to AL4, AL5, AL7, TOE1 and IAA34 in planta. al4 al5 al6 al7 mutant was generated via CRISPR-Cas9 to study functional role of SE with TF, which revealed redundancies among alfins. On other hand, se1 toe1 toe2 mutant showed pleiotropic defects though it exhibited no difference in flowering time compared to toe1/2. This indicates TOEs are epistatic to SE. Expression profiles of MIRNAs, their targets and RNA seq analysis of se-1 and toe1/2 showed a speculative role in flowering inhibition during juvenile phase.

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Untersuchung und Bewertung der interagierenden Partner von SERRATE in Arabidopsis thaliana

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SERRATE ist an Transkriptionsregulierung beteiligt vermutlich über Bindung von Transkriptionsfaktoren. Ziel dieser Studie ist die vielfältigen Interaktionspartner von SE zu untersuchen wobei der Schwerpunkt auf Transkriptionsfaktoren (TF) liegt. Y2H-Bibliotheks-Screening und eine IP-MS ergaben 63 TF, an SE binden. Bestätigungsexperimente zeigten direkte Interaktion von 7 ALFIN1-LIKE-Proteinen, TOE1, TOE2 und IAA34 TF. Co-IP zeigten, dass SE in planta an AL4, AL5, AL7, TOE1 und IAA34 bindet. Mutante al4 al5 al6 al7 wurde mittels CRISPR-Cas9 erzeugt, um die funktionelle Rolle von SE mit TF zu untersuchen, was Redundanzen zwischen den Alfinen ergab. Andererseits zeigte die se1 toe1 toe2 Mutante pleiotrope Defekte, obwohl sie keinen Unterschied in der Blütezeit im Vergleich zu toe1/2 aufwies. TOEs sind also epistatisch zu SE. Die Expressionsprofile der MIRNAs, ihrer Targets und RNA-Seq von se1 und toe1/2 zeigten spekulative Rolle bei der Hemmung der Blüte während der Jugendphase.

Item Type:	Thesis (PhD)
Uncontrolled Keywords:	SERRATE, Ackerschmalwand, Protein-Protein-Wechselwirkung, Transkriptionsfaktor, Transkriptionsregulation
Subjects:	Science and mathematics > Life sciences, biology Science and mathematics > Plants (botany)
Divisions:	Faculty of Mathematics and Science > Department of Biology and Environmental Sciences (IBU)
Date Deposited:	11 Nov 2022 08:03
Last Modified:	11 Nov 2022 08:03
URI:	https://oops.uni-oldenburg.de/id/eprint/5505
URN:	urn:nbn:de:gbv:715-oops-55860
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