Zucker, Falk (2022) New Microviridae (pro)-phages infecting marine Alphaproteobacteria. PhD, Universität Oldenburg.

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Abstract

Bacteriophages of the family Microviridae are one of the major clades of ssDNA phages. Their cultivated members are lytic and infect Proteobacteria, Bacteroidetes, and Chlamydiae. Prophages have been predicted in genomes from Bacteroidales, Hyphomicrobiales, and Enterobacteriaceae and cluster within the subfamilies “Alpavirinae”, “Amoyvirinae” and Gokushovirinae. Previously, the bacteriophage “Ascunsovirus oldenburgi” ICBM5 was isolated from the North Sea and is distantly related to known Microviridae. The novel phage infects Sulfitobacter dubius SH24-1b and uses both a lytic and a carrier-state life strategy. An entire infection cycle was analysed in replicates using a combinational approach of one-step growth curves and phage targeted direct-geneFISH. Thereby, the percentage of infected cells as well as the number of viral genomes per cell could be quantified over the course of an infection….

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Neue Mikroviridae (Pro)-phagen infizieren marine Alphaproteobakterien

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Bakteriophagen der Microviridae Familie stellen eine der Hauptklassen von einzelstrangigen (ss)DNA-Phagen dar. Ihre kultivierten Vertreter sind lytisch und infizieren Proteobacteria, Bacteroidetes und Chlamydiae. In den Genomen von Bacteroidales, Hyphomicrobiales und Enterobacteriaceae konnten Prophagen vorhergesagt werde und diese gruppieren sich innerhalb der Unterfamilien „Alpavirinae“, „Amoyvirinae“ und Gokushovirinae. Bereits zuvor wurde der Bakteriophage „Ascunsovirus oldenburgi“ ICBM5 aus der Nordsee isoliert und hat sich als entfernt verwandt mit bekannten Microviridae erwiesen. Der neuartige Phage infiziert Sulfitobacter dubius SH24-1b und verwendet dabei sowohl eine lytische als auch eine Trägerzustands-Lebensstrategie. Ein kompletter Infektionszyklus wurde mittels eines kombinierten Versuchsaufbaus aus einstufigen Wachstumskurven und Phagen gerichteter fluorescence in situ Hybridisierung (FISH) durchgeführt und analysiert. Dadurch konnte der Prozentsatz infizierter Zellen sowie die Anzahl viraler Genome pro Zelle im Verlauf einer Infektion quantifiziert werden…

Item Type:	Thesis (PhD)
Uncontrolled Keywords:	Microviridae, Bakteriophagen, Prophage
Subjects:	Science and mathematics > Life sciences, biology
Divisions:	Faculty of Mathematics and Science > Institute for Chemistry and Biology of the Marine Environment (ICBM)
Date Deposited:	20 Jan 2023 12:20
Last Modified:	20 Jan 2023 12:20
URI:	https://oops.uni-oldenburg.de/id/eprint/5541
URN:	urn:nbn:de:gbv:715-oops-56224
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