Süß, Jacqueline (2007) Kultivierungsabhängige Analyse mikrobieller Gemeinschaften in Sapropelen des östlichen Mittelmeeres. PhD, Universität Oldenburg.

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Abstract

In Sedimenten des östlichen Mittelmeeres treten in regelmäßigen Abständen Sapropele auf. Diese organisch reichhaltigen Schichten sind durch erhöhte Zellzahlen und mikrobielle Aktivitäten gekennzeichnet. In der vorliegenden Arbeit konnten mit Hilfe verbesserter Kultivierungstechniken bis zu 3,3 % der mikrobiellen Gemeinschaften der Sapropele angereichert und eine große Stammsammlung etabliert werden (27 Phylotypen aus 6 bakteriellen Gruppen). Für einen häufig isolierten Phylotypen, Rhizobium radiobacter, wurde ein spezifisches PCR-basiertes Nachweissystem entwickelt. Die Untersuchung von 45 Sedimentproben zeigte die weite Verbreitung und hohe Abundanz dieses Mikroorganismus in situ (bis zu 5% der Bakterien). Hohe Zelldichten von R. radiobacter in Sapropelen und seine Anwesenheit in Wasserproben des Nils weisen auf einen möglichen terrestrischen Ursprung hin. Physiologische und genetische Untersuchungen ausgewählter Isolate zeigten verschiedene Anpassungen an die Bedingungen in den Sapropelen. Zudem wurde deutlich, dass Mikroorganismen verschiedene Strategien verfolgen, um Ihr Überleben in diesem speziellen Habitat zu sichern.

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Sediments of the Eastern Mediterranean Sea are characterised by the periodical occurrence of sapropels. These organic-rich layers exhibit elevated cell densities and microbial activities. In the present work up to 3.3 % of the sapropel communities were enriched and a large culture collection was established (27 phylotypes of 6 bacterial groups) by improved culture techniques. For one of the most frequently isolated phylotypes, Rhizobium radiobacter, a specific PCR-based detection system was developed. The investigation of 45 sediment samples demonstrated the widespread distribution and high abundance of this microorganism in situ (up to 5 % of total bacteria). Due to high cell densities in sapropels and its occurrence in water samples of the river Nile, R. radiobacter might be of terrestrial origin. Physiological and genetic investigations of selected isolates revealed different adaptations to the conditions in sapropels. It was also shown that microorganisms follow different strategies to survive in this special habitat.

Item Type:	Thesis (PhD)
Uncontrolled Keywords:	[Keine Schlagwörter von Autor/in vergeben.]
Controlled Keywords:	Östliches Mittelmeer, Sapropele
Subjects:	Science and mathematics > Life sciences, biology
Divisions:	Faculty of Mathematics and Science
Date Deposited:	17 Jan 2013 14:13
Last Modified:	17 Jan 2013 14:13
URI:	https://oops.uni-oldenburg.de/id/eprint/53
URN:	urn:nbn:de:gbv:715-oops-834
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